第1神殿
エレベーターを降りたら左へ向かいます。道中、鍵を入手できる場所や回復アイテムがあります。スタルフォン（赤）は下段攻撃に弱く、無理なく倒せるでしょう。鍵を入手したら扉を開けてさらに奥へ進みます。途中に妖精がいますが、ダメージを受けていない場合は取る必要はありません。
一番奥にいるグーマはハンマーの軌道内に入れればダメージを受けずに倒せます。シールドの魔法を使用して挑むと安心です。ボス・マズラを倒すと鍵が入手できます。石像にクリスタルをはめ込むとリンクのレベルが1つ上がります。
第2神殿
エレベーターを降りてから、各所で鍵を入手しながら進みます。道中、スタルフォン（青）やグーマが出現するため、シールドの魔法を使って進むと安全です。
壁にあるラーの石像を剣で攻撃すると赤い壷が出現します。聖なるグローブを入手する際にはアイアンナック（赤）が出現しますので、シールドの魔法を使っておくと良いでしょう。ボス・ジャーマフェンサを倒せば鍵が入手でき、最後にクリスタルをはめ込むとリンクのレベルが1つ上がります。
第3神殿
神殿内では鍵を入手しながら進みます。道中にヘルグーマやパルタム（青）が出現しますが、下突きに弱いため、シールドの魔法を使いながら攻撃すると効果的です。
イカダを入手するためにはアイアンナック（青）との戦闘が必要です。ボス・レボナックを倒すと鍵が入手できます。神殿の最奥でクリスタルをはめ込むとリンクのレベルが1つ上がります。
第4神殿
エレベーターを降りて進むと大きな穴があり、ジャンプの魔法を使うと安全に進めます。聖なるブーツを入手する際にはスタルフォンやアイアンナック（青）が出現するため、シールドの魔法を併用して進みましょう。神殿内で鍵や経験値袋を回収し、ボス・カロックを倒すと鍵を入手できます。最後にクリスタルをはめ込むことでリンクのレベルが1つ上がります。
第5神殿
フェアリーの魔法を使用して一旦右の部屋へ進み、鍵を取りに戻る必要があります。道中、崩れる橋で経験値袋を回収する際はジャンプして下突きで取ると安全です。
中ボス・マズラを倒すと鍵が出現し、進行可能になります。笛を入手したら道を戻り、ボス・ジャーマフェンサIIを倒します。最後に石像にクリスタルをはめ込むとリンクのレベルが1つ上がります。
第6神殿
エレベーターを降りて道を進むと、アイアンナックの石像を攻撃することで赤い壷かアイアンナック（赤）が出現します。十字架を取るためには特定の柱をジャンプの魔法で越える必要があり、慎重に進めましょう。道中でレボナックと戦う場面もあり、倒すことで鍵が手に入ります。ボス・バルバジアを倒し、最後にクリスタルをはめ込むとリンクのレベルが1つ上がります。
大神殿
大神殿の入り口付近や隠し通路には、フォッカーの石像が複数あり、剣で攻撃すると赤い壷かフォッカー（赤）が出現します。さらに奥に妖精がいる箇所が複数ありますが、戦闘の前に回復しておくと良いでしょう。
大神殿の守護神ボルバと対峙する際には、サンダーの魔法を使用して顔の弱点を露出させてから攻撃を続けましょう。ボルバの体には当たり判定がないため、炎の攻撃に注意しつつ慎重にダメージを与えます。戦闘が進むと炎の数が増えるので、ライフの状況に応じて押し切ることも考慮しましょう。
最終ボスのリンクの影との戦闘では、シールドの魔法を必ず使い、連打で攻撃を当てていく戦法が有効です。画面端へ追い詰めると攻撃が当たりやすくなります。リンクの影を倒すと勇気のトライフォースを入手し、エンディングに進みます。