第1話 落ちこぼれバスターズ ～ミッションの基本からやりなおせ！
名前を入力後、1Fエントランスでふぶきちゃんと会話して「動画」アプリを入手し、3F談話室でホノボーノと会話してメンバー編成ができるようにします。ホノボーノとの会話を終えたら、メンバー編成で1人を設定し、「出動メンバー」アプリを入手します。最後に4F司令室でブリー隊長と会話し、メインミッション「ミッションの基本からやりなおせ！」を行います。
おとも妖怪といっしょ
「トロフィー」アプリを入手し、2Fレベルームでばくそくコーチと会話してレベルアップを行います。その後、3F談話室でホノボーノと会話しておとも妖怪を1匹まで連れていけるようになり、出動する妖怪として設定します。最後に4F司令室でブリー隊長と会話し、メインミッション「おとも妖怪といっしょ」を進めましょう。
スカウト！ともだちチャンス！
2Fジミーショップが開店した後、4F司令室でブリー隊長と会話し、メインミッション「スカウト！ともだちチャンス！」を行います。仲間になった妖怪が「ひも爺」なら愛情おむすび、「さむガリ」なら雪王のマント、「おともらし」なら爆音クラクション、「おこ武者」なら暴虐な刀を第四話で入手できます。
落とし物さがしは超ラクショー？
「ようかいの輪」アプリを入手し、2Fジミーショップでジミー店長と会話して装備品を作成できるようにします。フシギのカケラを入手後、でんじん親方と会話し装備品を合成し、おとも妖怪を3匹まで連れていけるようにします。最後に3F談話室でホノボーノと会話しておとも妖怪を3匹設定し、4F司令室でブリー隊長と会話してメインミッション「落とし物さがしは超ラクショー？」を行います。
第2話 アツアツお風呂にご用心！
団々坂のミッションに出動しよう！
コマさんが仲間に加わるので、1Fエントランスでウィスパーと会話してYBKホールへ向かい、ブチニャンと会話します。赤猫団の場合は「あかねこ手帳」、白犬隊の場合は「しろいぬ手帳」アプリを入手し、ウィスパーと再度会話してバスターズハウスに帰還します。その後、4F司令室でブリー隊長と会話し、B1さすらい闘技場でまむし行司と会話してバトルができるようにします。4F司令室に戻り、ブリー隊長と会話してミッションの協力プレイを可能にした後、メインミッション「お風呂あがりを狙うヤツら」を行います。
サブミッションを1つクリアしよう！
「住宅街のおなやみ」は住宅街で悪さをする妖怪をすべて倒すミッションです。「からまれましてピンチです！」はこひなた駅前にいる妖怪を助ける内容で、「びちゃんこ手ぬぐいを回収せよ！」はびちゃんこ手ぬぐいを集めるミッションです。どれか1つを選んでクリアしましょう。
メカブちゃんが依頼した事件を解決しよう！
4F司令室でブリー隊長と会話し、「ワカメくんの行方を追え！」のメインミッションを開始します。メカブちゃんの依頼に沿って事件の解決に向かいましょう。
事件の犯人のぼせトンマンを退治しよう！
「メダルこうかん」アプリを入手し、メインミッション「熱湯！熱闘！さくらの湯！」でビッグボス「のぼせトンマン」と戦闘を行います。戦闘に備えて装備品を整え、Lvを上げておきます。
第3話 もんげーKJパトロール！
さくら中央シティをパトロールしよう！
1Fエントランスでアイテムの受け取りや様々なことができるようになり、DL番号入力や限定商品、ダウンロード、パスワード、QRコード、お届けもの、おしらせ配信が利用可能になります。次に、屋上で妖怪ガシャが使えるようになり、メインミッション「さくら中央シティをパトロールせよ！」を行います。クリアすると、サブミッション「あとしまつのお風呂バスターズ」が発生します。
チームKJのメンバーと対決だ！
4F司令室でパトロールミッションを受けられるようにし、3Fで電話を受けると第1話のサブミッション「孤高のバスターズダニ！」が受注可能になります。続いて、メインミッション「バスターズ・バトル feat. KJ」を行います。クリアすると、サブミッション「金の卵をさすりたくて」が発生します。
とらわれたコマじろうを救出せよ！
メインミッション「コマじろう救出大作戦！」ではビッグボス「ガシャどくろ」との戦闘があるため、事前にレベルを十分に上げ、装備をしっかりと整えておくと良いでしょう。ミッションをクリアすると次のサブミッション「雨におどるビリビリコンビ」が発生します。
第4話 ひょうたん池ナワバリ合戦！
ひょうたん池の研修ミッションに出動だ！
2Fレベルームで進化と合成ができるようになり、「スカウト！ともだちチャンス！」アプリを入手します。次に3Fで電話を受け、第1話のサブミッション「落ちこぼれバスターズ奮闘記」を受注し、その後メインミッション「ひょうたん池のバスターズ研修」を行います。
河童チームかにんぎょチームで研修だ！
1Fエントランスでふぶきちゃんと会話して「音楽」アプリを入手し、サブミッション「アイテム研修！カッパーズ」を行います。カッパーズをクリアすると、サブミッション「バトル研修！カッパーズ」が発生し、これを行います。続いてサブミッション「アイテム研修！にんぎょ組」を行い、クリアすると「バトル研修！にんぎょ組」が発生するので、これも実行します。
目覚めし池のヌシ つられたろう丸を倒せ！
4F司令室でブリー隊長と会話し、メインミッション「襲来！目覚めし古池のヌシ！」を行います。ビッグボス「つられたろう丸」と戦闘に備え、Lvを上げたり装備品を整えましょう。
第5話 おどける！ツチノコ大捜査線！
ツチノコの仲間たちをさがそう！
3Fで電話を受け、第1話のサブミッションが発生します。赤猫団では「バトル・ロワイニャル」、白犬隊では「結成！白ウィス隊！？」が選択可能です。その後、メインミッション「発見！ツチノコ捜索隊！」を行い、クリアするとサブミッション「ちっちゃな問題とながーい話」と「ゆめか？まぼろしか？」が発生します。
行方不明事件の犯人をさがそう！
メインミッション「行方不明事件の犯人！？」に進み、ミッションをクリアした後は、新たに追加されるサブミッション「きっずバスターズからの挑戦状！」を確認しておくと良いでしょう。
小学校でツチノコ三兄弟をさがそう！
「ツチノコ三兄弟の秘密！」のメインミッションではビッグボス「ミツマタノヅチ」と戦うため、事前にレベルアップや装備品の強化を行い、戦闘準備を整えてから挑みましょう。
第6話 決戦！赤鬼討伐ミッション！
赤鬼をさがしてケマモト村に出動しよう！
司令室のランクが★2に上がると、新たにビッグボスミッションが解放されます。準備が整ったら、メインミッション「鬼の出る村へ」に挑み、クリア後に発生するサブミッション「あやかし不可思議 ガシャどくろG」も確認しておきましょう。
ケマモト村で赤鬼討伐作戦開始！
メインミッション「赤鬼討伐作戦 開始！」に進み、ミッションを完了させた後は、サブミッション「がんばれ！ケマモン隊長！」も解放されるので、次の挑戦に備えましょう。
ケマモト村で赤鬼と決戦だ！！
「決戦！赤鬼再来！」のメインミッションではビッグボス「赤鬼」と「鬼食い」との戦闘があるため、レベルアップや装備品の準備をしっかりと整えてから挑戦するようにしましょう。ミッションをクリアするとサブミッション「天下無双のインセクターズ！」が発生します。
第7話 ババーンと渚のバカンス！
港町ナギサキで出動しよう！
屋上のランクが★2にアップし、鬼ガシャが使用可能になります。また、バスターズハウスのリフォームが可能となり、「ポップンリッチ」にリフォームできるようになります。次に、1Fエントランスでワカメくんから記念品「記念の花輪」を入手し、4F司令室でナメクジ軍曹から壁紙「ムキムキぐんそう」を入手します。その後、メインミッション「夏だ！海だ！バカンスだ！」を行い、クリアすると赤猫団の場合はサブミッション「赤い悪魔とさすらいのオロチ」、白犬隊の場合はサブミッション「白い魔獣と気まぐれなキュウビ」が発生し、さらにサブミッション「渚のアイドル しわくちゃん」が発生します。
ナギサキの事件を解決しよう！
3F談話室で電話を受けることでサブミッション「モモタローハンター」が追加されます。その後、メインミッション「パイレーツ・オブ・ナギサキ団」を進行し、クリア後に「オジイ・ハザード」が発生するので、新たなミッションも確認しておきましょう。
海の番人を倒してオト姫さまに会おう！
「オト姫さまに会うために」ではビッグボス「Gババーン」との戦闘が待っているため、事前にレベルを十分に上げ、装備を強化してから挑みましょう。ミッションクリア後は、追加サブミッション「冷徹なる鬼！青鬼到来！」が発生しますので、次の挑戦も確認しておきましょう。
第8話 バスターズ誕生の秘密だニャン！
過去のさくらニュータウンに出動しよう！
メインミッション「出動！過去の世界！」をクリアすると、新たにサブミッション「お命いただきます」が解放されますので、進行状況を確認しながら進めていきましょう。
桜町に現れた凶悪妖怪たちを倒せ！
「共闘！ど根性ガッツ団！」のメインミッションでは、桜町に現れた凶悪妖怪たちとの戦闘が待ち構えています。十分に準備を整え、連携を意識しながら戦いに挑みましょう。
桜町に放たれた3体のビッグボスを倒せ！
3つのメインミッションをそれぞれ行い、3体のビッグボスを倒します。挑戦するミッションは「地獄の熱湯！おのぼり黒トン！」「黒船襲来！第八三途丸！」「邪悪なる三つ目！地獄大山椒！」の3つです。
目覚めし災厄 どんどろを倒せ！
「災厄を封印せよ！」ではビッグボス「どんどろ」との戦闘がありますので、事前に十分にレベルを上げ、装備品を強化して挑むようにしましょう。クリアするとバスターズランクがさらにアップします。
第9話 バスターズの頂点を目指せ！
キング・オブ・バスターズの予選に出場だ！
メインミッション「キング・オブ・バスターズ予選大会」に挑戦し、ミッションをクリアすることで追加サブミッション「闇にうごめく悪の計画」が発生するので、進行状況を確認しながら次に備えましょう。
キング・オブ・バスターズの本戦に出場だ！
メインミッション「キング・オブ・バスターズ本戦大会」を行い、ビッグボス「のぼせトンマン」「つられたろう丸」「赤鬼」「鬼食い」「ミツマタノヅチ」「ガシャどくろ」との連戦に備えて、Lvを上げたり装備品を整えます。クリアするとサブミッション「金ピカ最高速でGO！」が発生します。
脱走者 プリズンブレイカーを撃退しよう！
「地獄からの脱走者」ではビッグボス「プリズンブレイカー」との対決が待っているので、レベルを上げ、強力な装備品で戦闘準備を整えて挑みましょう。ミッションをクリアすると、次のサブミッション「悪夢のはじまり！黒鬼来襲！」が解放されます。
第10話 ゆけゆけ！妖怪ウォッチバスターズ！
動けなくなったライバルたちを救助しよう！
「緊急事態！バスターズSOS！」では、動けなくなったライバルたちの救助が目標です。状況に応じてサポート妖怪や装備品の選定を行い、効率よく救助に向かいましょう。
未来の世界で最強兵器のパーツを集めよう！
「バスターズ・トゥ・ザ・フューチャー」では未来の世界で最強兵器のパーツを集めるため、さまざまな敵や障害に備え、適切な装備とメンバー編成を行って進みましょう。
最終決戦！ウィスマロマンを倒せ！！
最終決戦「バスターズよ永遠に！」ではビッグボス「ウィスマロマン」との戦闘が待ち受けています。すべての装備を整え、最強の編成で挑むようにしましょう。全力を尽くし、この最終戦に勝利して物語を完結させます。
エンディング＆スタッフロール
第11話 バトルはつづくよ どこまでも！
さらなる強敵たちに挑戦しよう！
赤猫団または白犬隊の特典で、BジバスーツまたはBコマスーツが入手可能です。地下のひみつのクローゼットで妖怪のおきがえを行い、能力やスキルの変化を確認して、バトルでの活用を考えましょう。また、指令室のランクアップにより追加されるストーリーミッションも進めていくとさらなるバトルに挑戦できるようになります。
バスターズランクがランク11以上まで上がるようになる
ミッションを何度もクリアすることでランクをさらに上げられます。また、1FエントランスのバスターズビーグルでYBKホールにいつでも行けるようになります。イベントや追加ミッションを活用し、さらに強化していきましょう。
追加サブミッション
2Fジミーショップに新商品「金のタマゴ」が入荷します。鬼玉を持ちきれない時に購入して貯めておくと便利です。1Fエントランスでワカメくんから記念品「感謝の花輪」を入手できます。
追加サブミッションに挑戦しよう！
- サブミッション「最恐！怪魔五人衆！」をクリアすると、厄怪、不怪、難怪、豪怪、破怪のいずれかが仲間になる可能性があります。
- サブミッション「影に潜むアサシン！大蛇隊！」をクリア後、オロチが仲間になる場合があります。
- サブミッション「合戦！元祖軍大将を狙え！」をクリアすると、土蜘蛛が仲間になることがあります。
- サブミッション「ハーレムバスターズ！ナインテイルズ！」を行い、クリアするとキュウビが仲間になる場合があります。また「合戦！本家軍大将を討て！」をクリアすると、大ガマが仲間になることがあります。
ロボ妖怪たちの反乱を阻止しよう！
サブミッション「第2次スーパーロボニャン大戦」を行い、「合戦！元祖軍団大将を狙え！」または「合戦！本家軍団大将を討て！」のいずれかをクリアするとビッグボス「ロボニャン28号」と戦闘が発生します。
さらなる強敵たちに挑戦しよう！
サブミッション「レジェンド登場！特攻野郎Bチーム！」をクリア後、ブリー隊長が仲間になります。また、さらにクリアするとマスターニャーダやふぶきちゃんが仲間になる場合があります。
さらなるビッグボスと対決しよう！
- サブミッション「運命の糸をつむぐもの」を行い、ビッグボス「あやとりさま」と戦います。
- サブミッション「真打登場！カブキロイド！」を行い、ビッグボス「カブキロイド」と戦います。
- サブミッション「五つ星の創造神」を行うには「運命の糸をつむぐもの」か「真打登場！カブキロイド！」をクリアする必要があります。ビッグボス「日ノ神」との戦闘が待っています。
最強のバスターズチームを目指せ！
日ノ神を倒すことでストーリーミッションは終了します。その後もビッグボスミッションの超や極を続けてプレイすることが可能です。YBKホールで記章を像に1000枚貼ると、YBKホールの地下にある紅白の間で、赤猫団は白古魔、白犬隊は赤魔寝鬼と戦えます。
月兎組 BUSTERS WAR
メインミッション「めざせ月兎組！紅白ボス合戦！」を行い、ビッグボス「超・レッドJ」と「超・マイティードッグ」と戦います。クリアし、「モモタローハンター」をクリア済みの場合、サブミッション「モモタローハンター2」が発生します。
最終選抜！バスターズウォー！
「最終選抜！バスターズウォー！」では強力なビッグボスが複数登場するため、装備を最強にし、チーム編成も工夫して挑みましょう。クリア後のサブミッションでフウ2が仲間になる可能性があるため、さらなる戦力強化を目指して進めていきましょう。
月に囚われた妖怪を救出しよう！
メインミッション「月に囚われた妖怪」を行い、ビッグボス「キャプテンサンダー」との戦闘に挑みます。クリアすると、サブミッション「妖怪ウォッチバスターズif」が発生し、クリアするとゴルニャン、ワルニャン、影オロチのどれかが仲間になる場合があります。
月兎組 衝撃！妖怪ワールドにせまる危機！
USAピョンのB-USAスーツで能力が強化されるため、これを活用してサブミッション「特攻野郎Bチーム マスター救出大作戦」に挑戦していきましょう。さらに強敵に挑む準備を進めてください。
ラスボス逆襲！赤いババアと白のイカ！
メインミッション「ラスボス逆襲！赤いババアと白のイカ！」を行い、ビッグボス「超・イカカモネ議長」と「超・ウバウネ」との戦闘に挑みます。クリアすると、サブミッション「伝説妖怪 真っ二つ斬り！」が発生します。
第3次スーパーロボニャン大戦
「第3次スーパーロボニャン大戦」ではビッグボス「ロボニャン3000」との対決となります。強力な攻撃と耐久力を備えた敵なので、事前の準備は念入りに行い、効果的なチーム編成で挑戦しましょう。
妖魔を総べるものを倒せ！
メインミッション「妖魔を総べるもの」を行い、ビッグボス「ぬらりひょん」、「犬まろデロン」、「猫きよペロン」、そして「大妖魔ぬらねいら」と戦います。
月兎組 Youは何しにバスターズへ？
メインミッション「エンマ大王と5つの試練」を行い、エンマメダルを持っていると、クリア後にエンマ大王が仲間になる可能性があります。クリア後、4F司令室でナメクジ軍曹から壁紙「G・オブ・エンマ」を入手します。また、白古魔や赤魔寝鬼を倒していると、次の特別なミッション「輝ける赤き守護獣」や「煌めける白き守護獣」が発生します。
創造神、覚醒
メインミッション「創造神、覚醒」を行い、ビッグボス「覚醒日ノ神」との戦闘に挑みます。クリア後、4F司令室でナメクジ軍曹から壁紙「サンシャインゴッド」を入手します。
伝説の王を倒せ！
「伝説の王」では究極のビッグボス「ブシ王」との戦いが待っています。全ビッグボスを倒していることが条件なので、しっかり準備を整えて挑みましょう。クリア後にはブリー元帥が仲間に加わり、新たな報酬も入手できるため、最強のチーム編成がさらに強化されます。
月兎組のストーリーミッション終了後
ブシ王を倒すと月兎組のストーリーミッションは完了します。その後も、ビッグボスミッションの超や極、真チャレンジミッションを続けてプレイできます。YBKホールで記章を集め、像に1000枚貼ると、紅白の間で特別なボス「白古魔」または「赤魔寝鬼」との対戦が可能です。新たな挑戦やイベントも活用し、バスターズのさらなる成長を目指しましょう。