第1話 バスターズ解散！？
【目的】
ブリー隊長と会話し、「インディ・J」とのイベントを見る。
ホノボーノと会話し、出動メンバーを1人選択しましょう。このタイミングで「妖怪の基本パラメータのヘルプ」と「妖怪大辞典のヘルプ」が追加され、「出動メンバーアプリ」が入手できます。
ブリー隊長と会話して島の奥に進もう！
【目的】
ブリー隊長と会話し、イベントを発生させます。
イベント後、「おともの作戦変更のヘルプ」が追加されます。「インディ・J」と会話し、「見習いの刀」と「まるい盾」を手に入れ、装備を忘れずにしましょう。
「トレンジャ遺跡①」
ホノボーノと会話してメンバー編成を行います。「トレンジャ遺跡①」の途中で「おとも復活のチュートリアル」と「ヌーパーツの説明」があります。クリア後、キャンプが完成し、おともを3人まで連れて行けるようになります。また、「トロフィーアプリ」が手に入り、「マップの移動ショートカット」もできるようになります。ジミーと会話すると「ジミーショップ カラクリ島支店」がオープンし、バクソクと会話すると「カラクリ島式 レベルーム」が使用可能となります。鬼玉が貯まったら、しばらくは主力としてジバニャンのレベルを上げるのが良いでしょう。
「トレンジャ遺跡②」
「トレンジャ遺跡②」の途中で「ともだちチャンス」の説明があり、これ以降、妖怪を倒すと稀に仲間になります。
ふぶきちゃんに会いに行こう！
パラソルでふぶきちゃんと会話し、「ようかいの輪アプリ」を入手します。
「トレンジャ遺跡③」
アイテムや盾を集め、妖怪を仲間にしつつボスを倒しましょう。クリア後に「妖怪マグナム」を手に入れます。
「トレンジャ遺跡④」
途中で「マグナム」の説明があり、クリア後に「シンデンのねじまき」を入手し、イベントが発生します。
第2話 探検！謎のカラクリ島
陽気なヨースケに話しかける
【目的】
パラソルでふぶきちゃんと会話し、「ともだち手帳アプリ」を入手します。
陽気なヨースケと会話し、ブリー隊長に報告しましょう。
「ミステーリャ神殿①」
クリア後に「コマさん」が仲間になります。
武者かぶとに話しかける
桟橋で「武者かぶと」と会話すると、すれ違い通信のメンバーを登録できるようになります。また、クワノ武士と会話すると、闘技場にスペシャルチーム「ウィスパー」が登録されます。スペシャルチーム「ウィスパー」に勝利すると、稀に「ウィスパー」が仲間になります。Mr.スコップと会話し、「トレンジャストーン∞」と「大盛りストーン」を手に入れましょう。
「ミステーリャ神殿②」
クリア後に「メダルこうかんアプリ」、「音楽アプリ」、および「動画アプリ」を入手します。また、Mr.スコップと会話すると「ミステーリャS∞」が手に入ります。
「ミステーリャ神殿③」
クリア後に「コマじろう」が仲間になります。
ワカメくんに話しかける
会話すると「ダウンロード」「パスワード」「QRコード」が使用可能になります。
「ミステリーリャ神殿④」
クリア後に「トウのねじまき」が手に入りますが、すぐに失います。
第3話 ドヤガリ族とワザワイの大妖怪！
「コッカラカエー山①」
クリアすると「祭壇」でガシャができるようになり、「赤コイン」が手に入ります。また、限定ダンジョン「インディ・J編」に行けるようになります。
「コッカラカエー山②」
クリア後にMr.スコップと会話し、「コッカラカエーS∞」を入手します。
「コッカラカエー山③」
クリアすると「妖怪チェーンソード」が手に入ります。
「コッカラカエー山④」
クリアすると「ドウクツのねじまき」が手に入ります。イベント後、トレジャーギアの力が開花し、レベルが2に上がり、ギアソウルの持てる数が最大10になります。
第4話 目覚めよ！バンバラヤー！
「ばくそく」と会話すると「進化・合成進化」ができるようになります。また、クワノ武士と会話すると、闘技場にスペシャルチーム「ドヤガリ族」「ドヤ・オサ」「ガシャどくろT」「ミーフー（ソードのみ）」「フウ2（マグナムのみ）」が登録されます。各スペシャルチームに勝利すると、それぞれの妖怪が稀に仲間になります。
ビーチのテント
テントの中でイベントが発生し、「Tジバセット」「Tコマセット」が手に入ります。着替えをすると「Tジバニャン」と「Tコマさん」が使用可能になります。なお、着替えを元に戻すと元の妖怪も戻ります。
「ウスグラ大洞穴①」
クリアすると「ヒュードロイド」が入手できます。また、でんじん親方に鬼玉を払い、強化を進めることができます。
「ウスグラ大洞穴②」
クリアすると「目覚めのドラ」が手に入り、クリア後にMr.スコップと会話すると「ウスグラ剣ストーン∞（ソードのみ）」「ウスグラ銃ストーン∞（マグナムのみ）」が手に入ります。
「ウスグラ大洞穴③」
クリアすると、ダンジョン選択から「ムゲンダンジョン」に入れるようになります。
「ウスグラ大洞穴④」
クリア後、「ユウのねじまき」が手に入ります。
第5話 ダンドリーの罠…見せろ！勇気の証！
「わすれん帽」がバスターズキャンプに現れ、妖怪の名前を変更できるようになります。また、「メゾン・ドワスレ」がキャンプに設置され、ビーチに置いたボードなどをリフォーム可能になります。さらに、限定ダンジョン「Mr.スコップ編」に挑戦できるようになります。
「タメソード遺跡・勇」
「タメソード遺跡・勇①」をクリアします。続いて「タメソード遺跡・勇②」をクリアした後、Mr.スコップと会話し「タメソード勇S∞」を入手します。「タメソード遺跡・勇③」をクリアしましょう。
「タメソード遺跡・勇④」
クリアすると、「勇気の宝剣」と「チのねじまき」が手に入ります。また、「フユニャン」と「USAピョン」が仲間になります。イベント後、トレジャーギアの力が開花し、レベルが3になり、ギアソウルの持てる数が最大15になります。
第6話 知恵比べ！灼熱のオリから大脱走！
限定ダンジョン「ゾン・ビー・C編」に挑戦できるようになります。
「タメソード遺跡・知」
「タメソード遺跡・知①」をクリアすると「妖怪スナイパー」が手に入ります。続いて「タメソード遺跡・知②」をクリアし、Mr.スコップと会話して「タメソード知S∞」を入手します。「タメソード遺跡・知③」をクリアしましょう。
「タメソード遺跡・知④」
クリアすると「知恵の宝剣」と「チカラのねじまき」が手に入ります。
第7話 力試し！ガチンコ一番勝負！
クワノ武士と会話すると、闘技場にスペシャルチーム「KJ」が登録されます。スペシャルチーム「KJ」に勝利すると、稀に「KJ」が仲間になります。
「タメソード遺跡・力①」
遺跡内を進みながら戦い、「タメソード遺跡・力①」をクリアします。
「タメソード遺跡・力②」
クリア後、Mr.スコップと会話し、「タメソード力S∞」を入手します。
「タメソード遺跡・力③」
遺跡内で戦いを進め、「タメソード遺跡・力③」をクリアします。
「タメソード遺跡・力④」
クリアすると「力の宝剣」と「トウのねじまき」が手に入ります。
第8話 げきとつ！ブンドリー一家！
限定ダンジョン「徳川マイゾウ編」に挑戦できるようになります。
クワノ武士と会話すると、闘技場にスペシャルチーム「ブリー隊長」が登録されます。「カラクリア塔①」をクリア後、トレジャーギアの力が開花し、レベルが4になり、ギアソウルの持てる数が最大20に増えます。さらに、「カラクリア塔②」をクリアした後にMr.スコップと会話し、「カラクリアストーン∞」を入手します。
クリアすると「ノアのねじまき」と「秘宝バンバラストーン」が手に入り、「タント」が仲間になります。
第9話 ブントリー一家の秘められた過去
限定ダンジョン「バスコダ・ガマ編」に挑戦できるようになります。
「カラクリア・ノア①」
「カラクリア・ノア①」をクリアした後、クワノ武士と会話すると、闘技場にスペシャルチーム「キュウビ」「オロチ」「大ガマ」「土蜘蛛」が登録されます。各スペシャルチームに勝利すると、それぞれの妖怪（キュウビ、オロチ、大ガマ、土蜘蛛）が稀に仲間になります。
「カラクリア・ノア」
「カラクリア・ノア②」をクリア後、Mr.スコップと会話し「カラクリアN剣S∞（ソードのみ）」と「カラクリアN銃S∞（マグナムのみ）」を入手します。続けて「カラクリア・ノア③」と「カラクリア・ノア④」をクリアしましょう。
第10話 世界を救え！バスターズ！
「メガ・カラクリア①」をクリアし、さらに「メガ・カラクリア②」クリア後、Mr.スコップと会話して「MカラクリアS∞」を入手します。
ダンジョン内を進み、「メガ・カラクリア③」をクリア
「メガ・カラクリア④」では、ストーリー上のボス「カナエンデス」との戦いが待っています。レベル35程度が推奨されます。ボスに安定して勝つために、必要であればレベルを上げて挑戦しましょう。クリア後、「シンジツのねじまき」が手に入ります。
第11話 秘宝を求めて さらなる冒険へ！
クワノ武士と会話すると、闘技場にスペシャルチーム「マスターニャーダ」が登録されます。スペシャルチーム「マスターニャーダ」に勝利すると、稀に「マスターニャーダ」が仲間になります。
やりこみ要素
ムゲンダンジョンを第十層までクリアすることを目指しましょう。
限定ダンジョンで「バンバラヤー」のサブストーリーを進めることができます。
ようかいの輪を完成させ、トロフィーをコンプリートし、妖怪大辞典を全て集めましょう。