ミシロタウン
【目的】
2Fの自分の部屋に行き、時計を合わせる。その後、隣の家でハルカ（ユウキ）と会話する。
【Tips】
まず、自分の家に入って2階に上がり、時計を合わせてください。その後、隣の家に入り、2階でハルカ（またはユウキ）と話をしましょう。話が終わったら、101番道路へ進みましょう。
101番道路
【目的】
オダマキ博士を助け、最初のポケモンを選ぶ。
【Tips】
道を進んでいくとオダマキ博士が襲われている場面に遭遇します。博士のカバンを調べ、「キモリ」「アチャモ」「ミズゴロウ」の3匹から好きなポケモンを選びましょう。一度選ぶと、他の2匹は入手できませんので、よく考えて選択してください。
103番道路
【目的】
ハルカ（ユウキ）と初バトル。
【Tips】
選んだポケモンを育てながら進み、103番道路でハルカ（ユウキ）とバトルになります。彼らはレベル8程度なので、ポケモンをしっかり育てて挑みましょう。
ミシロタウン（再訪）
【目的】
研究所に戻り、「ポケモン図鑑」と「モンスターボール」を入手する。
【Tips】
バトル後、ミシロタウンの研究所へ戻りましょう。イベントが進行し、オダマキ博士から「ポケモン図鑑」と「モンスターボール」が渡されます。その後、自宅でママから「ランニングシューズ」をもらいましょう。これでBボタンを押しながら移動するとダッシュができるようになります。
トウカシティ
【目的】
ジムでミツルのイベントを進める。
【Tips】
トウカシティのジムに入るとミツルが現れ、ポケモンを捕まえるイベントが発生します。また、フレンドリーショップで「モンスターボール」を購入しておくのもおすすめです。道中で出現する「ポチエナ」や「ラルトス」など、便利なポケモンを捕まえながら進むとよいでしょう。
トウカの森
【目的】
デボン社員とアクア団のイベントを進める。
【Tips】
トウカの森の中ほどでデボン社員がアクア団に襲われているイベントが発生します。ここでアクア団とバトルになりますので、ポケモンをしっかり育てておきましょう。
カナズミシティ
【目的】
ジムリーダー「ツツジ」を倒す。
【Tips】
ポケモンセンターの左にある「いあいぎりオヤジ」の家で「いあいぎり」をもらえます。ジムリーダーのツツジは岩タイプの使い手で、最初に「アチャモ」を選んだ場合は苦戦する可能性があります。アチャモがLV16で「ワカシャモ」に進化し「にどげり」を覚えるまで育ててから挑戦すると良いです。ジムリーダーに勝利後、町の中心付近でデボン社員のイベントが発生します。
カナシダトンネル
【目的】
アクア団とバトル。
【Tips】
カナシダトンネルの奥でアクア団とのバトルがあります。勝利後、カナズミシティに戻るとデボン社員から「ダイゴへの手紙」と「ポケナビ」が手に入ります。
104番道路
【目的】
ハギ老人の小屋で会話し、「ムロタウン」に向かう準備を整える。
【Tips】
カナズミシティから南に進んで104番道路へ向かいましょう。途中、ハギ老人の小屋で彼と会話すると、船を出してもらえます。「ムロタウン」に移動する準備が整いますので、必要なアイテムやポケモンを確認しておくと良いでしょう。
ムロタウン
【目的】
ジムリーダー「トウキ」とのバトル。
【Tips】
ムロタウンに到着したら、ジムの右上付近にいる釣り好きのおじさんから「ボロの釣り竿」をもらっておきましょう。ジムリーダーのトウキは格闘ポケモンを使ってくるため、エスパーや飛行タイプのポケモンで弱点を狙うと有利です。しっかり育成して挑みましょう。
いしのどうくつ
【目的】
ダイゴに手紙を渡す。
【Tips】
ムロタウンの北にある「いしのどうくつ」に入り、入口付近にいる山男からひでんマシン05「フラッシュ」を手に入れます。洞窟の最奥部でダイゴと会話し、手紙を渡すとイベントが進行します。これでムロタウンの目的が完了します。
カイナシティ
【目的】
船でカイナシティに移動し、コンテスト会場と造船所のイベントを進める。
【Tips】
ハギ老人の船でカイナシティに向かいます。到着後、コンテスト会場で女の子と話して「ポロックケース」をもらっておきましょう。これはサファリゾーンへのアクセスに必要です。その後、造船所でツガと会話し、科学博物館に向かいます。そこでクスノキと会話し、アクア団とのバトルが発生します。
110番道路
【目的】
ユウキ（またはハルカ）とバトル。
【Tips】
110番道路を進むと、途中でユウキ（またはハルカ）とのバトルが発生します。バトルに備えてポケモンの体力や道具を確認し、準備を整えてから挑みましょう。勝利後、道を進んでキンセツシティを目指します。
キンセツシティ
【目的】
「いわくだき」を入手し、自転車をもらう。ジムリーダー「テッセン」とのバトル。
【Tips】
フレンドリーショップの右にある家で、ひでんマシン06「いわくだき」を入手します。また、ポケモンセンターの右側にあるサイクルショップで自転車がもらえます。マッハとダートのどちらかを選べますが、いつでも交換可能です。ジムリーダーのテッセンは電気タイプのポケモンを使ってくるので、地面タイプのポケモンを用意しておくと戦いやすいです。
シゲタウン
【目的】
「いわくだき」でカナシダトンネルを開通し、ひでんマシン04「かいりき」をもらう。
【Tips】
カナシダトンネルで「いわくだき」を使い、通路を開通させましょう。シゲタウンに戻ると、ひでんマシン04「かいりき」を入手できます。この技を覚えさせて、次の目的地へ進む準備を整えます。
111番道路（より道）
【目的】
「カチヌキファミリー」とバトルし、「きょうせいギプス」を入手。
【Tips】
111番道路に進むと、「カチヌキファミリー」との連続バトルイベントがあります。勝利すると「きょうせいギプス」が手に入ります。ポケモンの育成に役立つアイテムですので、余裕があれば挑戦しておくと良いでしょう。
112～113番道路
【目的】
砂漠を避け、ほのおの抜け道を通って先に進む。
【Tips】
現段階では砂漠には入れないため、112番道路から113番道路へと続く「ほのおの抜け道」を通ります。ほのおの抜け道の先には休憩所があるので、ここでポケモンを回復させながら進むと良いでしょう。
ハジツゲタウン
【目的】
ポケモンセンターでマユミと会話。
【Tips】
ハジツゲタウンのポケモンセンター内にいるマユミと会話しましょう。これにより、ボックス管理が可能になります。また、道中で見つけたポケモンを捕まえて育てやすくなりますので、ボックスを活用して進めてください。
114番道路
【目的】
マユミの家で会話してボックスの名称が変わる。
【Tips】
114番道路にあるマユミの家に立ち寄り、会話をしておくとボックスが「マユミのパソコン」として使用できるようになります。また、ボックスの活用が重要になる場面も増えるため、確認しておくと便利です。
りゅうせいのたき
【目的】
アクア団とマグマ団のイベントを進める。
【Tips】
りゅうせいのたきに向かい、アクア団とマグマ団のイベントを見ておきましょう。現時点では奥には進めませんが、イベントを確認したら引き返して次の目的地に進みます。
えんとつ山
【目的】
アクア団「アオギリ」とマグマ団「マツブサ」とバトル。
【Tips】
ハジツゲタウンからほのおの抜け道を戻り、ロープウェイに乗ってえんとつ山に向かいます。ここでアクア団のアオギリ、マグマ団のマツブサと順にバトルが発生します。勝利後、「いんせき」を外すイベントが進みますので、手順に従ってアクア団とマグマ団を撃退しましょう。
フエンタウン
【目的】
ジムリーダー「アスナ」とのバトル。
【Tips】
えんとつ山をクリア後、フエンタウンに向かいます。ジムリーダーのアスナはほのおタイプのポケモンを使ってくるので、水タイプや地面タイプの技を駆使すると有利に戦えます。ジムクリア後、ハルカ（ユウキ）から「ゴーゴーゴーグル」をもらえ、砂漠に入れるようになります。
トウカシティ（再訪）
【目的】
ジムリーダー「パパ」とのバトル。
【Tips】
フエンタウンからトウカシティに戻り、ジムリーダーである「パパ」とのバトルに挑みます。彼はノーマルタイプを使用するため、格闘タイプの技が有効です。勝利後、ジムの左にあるミツルの家で「なみのり」を入手し、次のエリアで活用しましょう。
キンセツシティ（再訪）
【目的】
「ニューキンセツ」で発電装置を止める。
【Tips】
トウカシティの右からコトキタウンを経由し、なみのりで103番道路を渡ってキンセツシティに戻ります。ポケモンセンター右下でジムリーダー「テッセン」と話し、南の水辺からなみのりで右に進むと「ニューキンセツ」に到着。最奥で発電装置を止めてイベントを進めましょう。
てんきけんきゅうじょ
【目的】
アクア団「イズミ」とのバトル。
【Tips】
キンセツシティから右に進み、119番道路にある「てんきけんきゅうじょ」に向かいます。1F左の部屋でポケモンを回復させ、2Fでアクア団のイズミとバトルします。勝利後、「ポワルン」がもらえます。その後、橋を渡った先でハルカ（ユウキ）とバトルがあり、勝利するとひでんマシン02「そらをとぶ」がもらえます。
ヒマワキシティ
【目的】
ジムリーダー「ナギ」とバトル。
【Tips】
ヒマワキシティに到着後、最初はジムに入れませんが、120番道路に向かって途中で「ダイゴ」と会話し、「カクレオン」とのバトルになります。勝利後、「デボンスコープ」を手に入れ、透明な障害物を除去できるようになります。これでヒマワキシティのジムに入れるようになるので、ジムリーダーのナギとバトルしましょう。ナギは飛行タイプのポケモンを使ってくるため、電気タイプや氷タイプの技が有効です。
ミナモシティ
【目的】
アクア団のイベントを進め、ジムリーダーに挑む。
【Tips】
120番道路を進み、おくりび山へ向かうアクア団のイベントを確認した後、ミナモシティのデパート前でハルカ（ユウキ）とバトルが発生します。エメラルド版の場合、コンテスト会場で「ポロックケース」を入手することができます。その後、アクア団のアジトに向かって進めていきましょう。
おくりび山
【目的】
アクア団とのバトルとアイテム入手イベントを進める。
【Tips】
おくりび山の山頂でアクア団とバトルになります。バージョンごとにアイテムが異なり、サファイアでは「あいいろのたま」、ルビーやエメラルドでは「まぐまのしるし」がもらえます。これで次のエリアに進む準備が整います。
（エメラルドのみ）マグマ団アジト
【目的】
マグマ団「マツブサ」とバトル。
【Tips】
フエンタウンとキンセツシティの間にある「デコボコさんどう」から進み、ロープウェイで上に上がってから下へ進むとマグマ団のアジトが見つかります。アジトの最深部でマツブサとのバトルが発生します。勝利後、イベントが進行します。
アクア団アジト
【目的】
アジト内でのアイテム回収とアクア団幹部とのバトル。
【Tips】
ミナモシティから右に進み、海でなみのりを使って上に進むとアクア団のアジトがあります。アジト内にはワープ装置があり、モンスターボールが4つ落ちている場所で「マスターボール」を回収できます。ただし、ビリリダマも2つあるので注意が必要です。最深部でアクア団の幹部とバトルが発生し、その間に潜水艇が出港してしまいます。
トクサネシティ
【目的】
ジムリーダー「フウ」とバトル。
【Tips】
ミナモシティから海を進んでトクサネシティに到着します。シティの右側の高台の左上にある家で「すごいつりざお」をもらえます。ジムリーダーのフウはエスパータイプのポケモンを使ってくるため、あくやゴーストタイプの技で攻撃すると有利です。エメラルド版の場合、トクサネのうちゅうセンターに向かい、マグマ団「マツブサ」とのバトルが追加されます。また、ダイゴの家でひでんマシン08「ダイビング」を入手しておきましょう。
かいていどうくつ
【目的】
アクア団「アオギリ」とバトルし、イベントを進行させる。
【Tips】
かいていどうくつには、「なみのり」「ダイビング」「いわくだき」「かいりき」が必要です。トクサネシティから南に進み、色が濃くなっている水域でダイビングを使用すると海底へ行けます。海底に空洞がある場所で内部に入り、アオギリとのバトルを行います。勝利後、イベントが進行し、次のエリアに移動可能です。
ルネシティ（ルビー・サファイア）
【目的】
「めざめのほこら」で伝説のポケモンとのバトル。
【Tips】
トクサネシティから南へ進み、127番水道で西に向かうと126番水道に到達します。ダイビングを使って海底に潜り、洞窟から浮上するとルネシティに入れます。町の上部でイベントが発生し、「めざめのほこら」に入ることが可能になります。最奥にはルビーでは「グラードン」、サファイアでは「カイオーガ」がいます。どちらも非常に強力なLV45ポケモンなので、捕獲を狙う際はHPを削り、状態異常にしてからボールを投げると良いでしょう。マスターボールがあれば確実に捕まえられますが、後半の伝説ポケモンのために温存するのも一案です。
ルネシティ（エメラルド）
【目的】
「そらのはしら」でレックウザのイベントを進行させる。
【Tips】
トクサネシティから127番水道を南に進み、126番水道でダイビングを使って海底に潜り、洞窟から浮上するとルネシティに到着します。町の左側でダイゴと会話すると「そらのはしら」に向かうことになります。そらのはしらの最上階でレックウザのイベントが発生します（バトルはありません）。その後、ルネシティに戻ってイベントを進行し、ジムの前でマグマ団とアクア団、さらにミクリと会話します。ここでひでんマシン08「たきのぼり」を入手し、ジムリーダー「アダン」とバトル可能になります。アダンは水タイプのポケモンを使用するので、草や電気タイプの技が有効です。
キナギタウン
【目的】
町を訪問し、そらをとぶに登録する。
【Tips】
キナギタウンは特に必須の目的はありませんが、そらをとぶでの移動先として登録しておくと後々便利です。トクサネシティから南に進み、129〜131番水道を経てキナギタウンに到達します。
サイユウシティ
【目的】
「たきのぼり」を使ってポケモンリーグを目指す。
【Tips】
トクサネシティから127番水道を南に進み、128番水道の東へ向かうとサイユウシティに到着します。「たきのぼり」を使用して進むことで、ポケモンリーグへ挑戦可能です。ポケモンの育成とアイテムの準備を万全に整えてから挑むようにしましょう。
チャンピオンロード
【目的】
ポケモンリーグへ進むための最後の試練。
【Tips】
「いわくだき」「かいりき」「なみのり」「たきのぼり」が必要な道のりで、暗い道も多いので「フラッシュ」を覚えたポケモンがいると便利です。チャンピオンロードの出口直前でライバルのミツルとバトルがあるため、準備を整えておきましょう。勝利後はポケモンリーグに挑戦することになります。
ポケモンリーグ
【目的】
四天王とチャンピオンに挑戦し、勝利を目指す。
【Tips】
ポケモンリーグでは四天王との連続バトルが続き、途中でポケモンの回復やPPの回復ができないため、厳しい戦いが待ち受けています。回復アイテムや状態異常回復アイテムを多めに持って挑むと良いでしょう。以下は四天王とチャンピオンの詳細です：
- カゲツ（悪タイプ）
- フヨウ（ゴーストタイプ）
- プリム（氷タイプ）
- ゲンジ（ドラゴンタイプ）
チャンピオンのポケモンはバージョンによって異なりますが、強力なポケモンが揃っているため、全てのタイプに対応できるメンバーを用意すると安定します。何度も挑戦し、貯まったお金で回復アイテムを増やしていくと良いでしょう。
エンディング後（ルビー・サファイア）
【目的】
ラティオス（またはラティアス）が出現するイベントを進行させる。
【Tips】
エンディング後、自宅でお母さんとのイベントが発生します。ルビーでは「ラティオス」、サファイアでは「ラティアス」が出現するようになります。このポケモンたちはフィールドを移動し続けるため、出会いには運が必要です。各地を巡って捕獲を試みましょう。
エンディング後（エメラルド）
【目的】
ラティオス、ラティアスの出現を選択し、さらに伝説のポケモンを入手可能にする。
【Tips】
エメラルドでは、自宅でお母さんとのイベント後、TVで「あお」または「あか」を選択することで、「ラティオス」または「ラティアス」のどちらかが出現します。また、カイオーガやグラードンともバトルが可能になり、それぞれの伝説のポケモンを捕獲できます。バトルフロンティアも開放され、新たな挑戦が待ち受けています。
そらのはしら
【目的】
「レックウザ」とのバトルで捕獲を狙う。
【Tips】
そらのはしらにはLV70の「レックウザ」が待ち受けています。レベルが非常に高いため、捕獲が難しいですが、根気よく戦い続けて捕まえましょう。キナギタウンからそらのはしらに行くのが近道です。なお、ひび割れた床があるため、マッハ自転車で通過する必要がある箇所もあります。最上階で慎重に進み、突き当たりを避けるように動きましょう。